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数据分析-结合能,自由能
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结合能的相关计算 结合能可以用于确定受体和配体是否能够结合,还可以用来比较受体和不同配体结合能力的不同。对于结合能的计算我们用的是Ambert佣Is里曲的MMPBSA.py原理 http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutoria13/py-scriptm 自由能分解和丙氨酸扫描 自由能分解通过计算单个氨基酸对总的结合自由能的贡献来确定氨基酸的重要性;而甘氨酸扫描则是将对单个氨基酸突变成丙氨酸一然后计算突变前后总结合自山能的变化来确定氨基酸的重要性自由能分解和内氨酸扫描的具体步骤与自由能的计算类似: http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutoria13/py_script/ 论文参考:《HIV蛋白酶与抑制剂的结合自山能计算》by段莉莉,张庆刚
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