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轨迹分析-RMSF
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RMSF是计算单个氨基酸在模拟过程中的运动变化。有些蛋白在结合配体的过程中会发生很明显的结构变化，一甚至上严开合”一运动，通过RMSF的计算，我们可以找到蛋白质止这些运动剧烈的氨基酸。一VMD有计算RMSF的工具
论文参考：北京工业大学博士学位论文《蛋白质与配体相互作用机理的分子模拟研究》第四章by刘明
吉林大学博士学位论文《几种重要蛋白分了的分了动力学模拟研究》第四章by徐钰
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