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轨迹分析-RMSD
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RMSD RMSD可以用于确定复合物在模拟过程中的稳定性。分子动力学模拟过程中 各个分子都处于动态的运动过程,因此整个系统处于不停的变化当中。模拟过 程的初始阶段,各个原子之间的距离还没有找到一个平衡点,因此整个系统将 处于运动比较剧烈的的状态。然后随着模拟的进行,原子间的相互作用将达到 平衡状态。因此RMSD将趋近于平缓。如图,每条曲线都代表一种蛋白或一种 蛋白复合物的RMSD变化。此外,如果一个蛋白在结合配体过程中会发生剧烈 的结构变化,其RMSD也会有所体现。
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