图片来源:
轨迹分析-RMSD
收藏
RMSD
RMSD可以用于确定复合物在模拟过程中的稳定性。分子动力学模拟过程中
各个分子都处于动态的运动过程，因此整个系统处于不停的变化当中。模拟过
程的初始阶段，各个原子之间的距离还没有找到一个平衡点，因此整个系统将
处于运动比较剧烈的的状态。然后随着模拟的进行，原子间的相互作用将达到
平衡状态。因此RMSD将趋近于平缓。如图，每条曲线都代表一种蛋白或一种
蛋白复合物的RMSD变化。此外，如果一个蛋白在结合配体过程中会发生剧烈
的结构变化，其RMSD也会有所体现。
文献及资料
